并赦封为文华殿大学士，入直军机。正好补上倭仁去后留下的军机大臣空位。但载淳加封曾国藩为文华殿大学士，所以在军机处只在恭亲王奕訢之下。可以说曾国藩已经位极人臣。

湘军众将对自己的老大封赏还是很满意的，而恭亲王奕訢等人对曾国藩的封赏也不会提出什么异议，他们也不想就此而得罪此人。

随后就是湘军众将，在经过多次与恭王等人的讨价还价之后，赦封曾国荃为兵部右侍郎。赦封李续宜为兵部左侍郎。赦封华蘅芳为户部左郎。赦封李善兰为工部左侍郎。赦封徐寿为礼部左侍郎，主管大学之事。赦封刘长佑为四长巡抚，赦封刘坤一为广西巡抚，赦封杨载福为广东巡抚。而恭亲王同时也提出了几个人为巡抚，载淳不得以也只能同意，其中一人就是李鸿章，被赦封为湖北巡府，这是载淳巴不得的事情。

同时载淳还与恭亲王奕訢做了一交易，那就是免载龄吏部侍郎之职，赦封为署两总督，免灵桂刑部侍郎之职，署理闽浙总督之任。

而灵桂又向载淳举荐原手下郎中，现任山西布政使的郑敦谨，为人刚正不阿，勤勉作事。载淳随即下旨，赦封为福建巡抚。调安徽布政使马新贻为浙江巡府。

马新贻也是载淳在同治二年接触并着重拉拢之人。其时载淳对马新贻有印象还是在晚清四大疑案中注意到了，那就是张汶祥刺马案。载淳就多注意了此人，并陛见过马新贻一次，马新贻与载淳深谈了关于灾后重建江南之地的举措。

首先谈道了漕运，马新贻的办法主要就是：正额照常征解，重点之地漕米额征数依谕旨酌减；一切陋规概行禁革，对浮收加以裁减，仅酌留平余为办公费；严禁大小户之分。

然后又谈到了盐运之事，极力推崇纲盐改票盐，并要求运商预交盐款，以缓场商疲乏，并按月配发盐引。

载淳对马贻的看法很是赞赏，看起来也是一位能吏，所以任马新贻为浙江巡抚，并没敢任在两江地面上，也是怕刺马案再出现。

马新贻在陛见请训之时，又向载淳要了两个人，一是原安庆知府孙依言，二是山东候补道袁宝庆，载淳二话没说，就下旨将二人调了过来。

赦封军机京章乔松年为上海道道员，并与之进行了详谈，对上海今后应如何的发展、如何的布局，和上海的重要位置，以及今后的漕运会转一部分为海运，会从上海起运等。乔松年也为载淳的见识给折服，所以甘心为载淳治理好上海道。

而载淳不得以将江苏巡抚、安徽巡府、漕运总督之位让给了恭亲王。

但载淳对漕运之事也同样做出了自己的对策。载淳此次得到了一个人才，就是颜士璋，是咸丰九年举人，为人机智，有才能，载淳就聘其为皇家运输公司的经理，并将漕运转一部分为海运，这也是载淳为着手整顿漕运坐准备。

至此，载淳对此有功之臣的封赏事宜才算告一段落，总体来说，湘军众将还算满意。此次攻入江宁，载淳还得到了太平天国所有的财富，但载淳并没有用这些钱财投入到军备上，而是直接交给裁龄、灵桂、左宗棠三人，让此三人整顿河务和战后重建之用。

在处理完这些事情之后，已经进入了同治三年。