在秦锋的威慑之下，下场的秩序有所好转，但是当时聚集在下关码头的人实在太多了，而且城内仍然不断的有人涌到下关码头，使得现场仍然十分的混乱。

在独立团士兵的指挥下，溃兵和逃难的百姓开始分批上船，船只相继驶离码头开赴对岸。经过这几天的努力，独立团收集了大量的船只，但是一次性也最多只能装载几千人过江，然而下关码头聚集的人实在太多了，短时间内也根本无法将所有人全都运到对岸。

于此同时，逃到下关的部队和百姓也在想尽一切办法渡江，马嘶人喊，人员嘈杂，伤兵勉强拄着棍子也跟在后面。码头上的人如同热锅上的蚂蚁，乱成一团。第74军军长俞济时有路子找了1艘小火轮1次可以装300多人，不间断的开始运输溃兵过江。第88师第264旅的辎重营在下关控制着一批木船，也在抓紧时间抢运第88师的溃兵。教导总队和第36师也都分别控制了一批船只，马不停蹄的将溃败下来的部队不断的运到江北，然而船只还是太少了，大多数人根本无船可渡。

有的人等不到船只，便拆卸门板等物，自己动手扎建简易的木筏准备渡江，甚至是泅渡过江，然而只有少数人成功，许多人因为江流汹涌，又不善游泳，而被活活淹死。

也并不是所有的部队都违抗命令撤往了下关码头，属于粤系的第66军和第83军一部在军长叶肇和邓龙光带领下向正面突围，在付出巨大代价后成功突破日军包围，第159师代师长罗策群战死。当时日军虽然包围了南京，但是后方却是空虚的，因此这些部队在突破了鬼子的阻击之后，反而成功的突围到了后方。

而且有的高级将领在开完会之后，就提前跑路了，根本不顾下面士兵的死活，导致一些部队根本不知道撤退的命令。例如教导总队第三旅，当天夜里还在紫金山与日寇拼死搏杀，根本不知道撤退的事情，等到其他部队都撤走了，旅长马威龙才得知消息，随后带着部队穿过敌人的间隙突围，转移至皖南一带集结待命。

在下关码头，秦锋见到了宪兵司令萧山令将军，此时萧将军正带着手下的宪兵负责维持秩序，指挥部队过江。得知独立团赶到下关的消息之后，萧将军特意找到了秦锋，在两人的共同努力下，下关的秩序才得以恢复了一些，没有产生更大的混乱。

经过一夜的忙碌之后，在独立团的努力下，聚集在下关码头的数万军民得以成功渡过长江，然而此时下关码头上，还聚集着大量的溃兵和逃难的民众来不及过江。

因乌龙山要塞守军撤走，原停泊于草鞋峡、三台洞（燕子矶南）的“文天祥”鱼雷快艇中队（4艘）也于12日夜驰去大通，12月13日拂晓，日军山田支队未经战斗即占领了乌龙山；日海军舰艇通过封锁线到达下关江面，日军第16师团一部亦乘舟艇进至八卦洲附近江面。大量正在渡江的中**队官兵被日海军及第16师团的火力和舰艇的冲撞所杀伤，情况变得万分危急。

秦锋听到远处突然响起的枪声忍不住皱起了眉头，这时一名士兵急急忙忙的跑了过来，一脸焦急的说道：“报告团座，有一股小鬼子突然追了过来，萧司令正指挥宪兵部队阻止日寇，然而日寇攻势甚猛，恐怕难以维持。李副团座已经带着四营，五营和机炮营的弟兄们赶去支援了。”

秦锋闻言眉头皱的更深了，随即将刘建国和刘嘉裕叫了过来，吩咐他们继续留下来组织未渡江的人们尽快渡江北上，随后亲自率领第三营，紧急赶往前线阻击日军。