萧震以海防大臣的名义下令，重新编制各军，除海军三个舰队外，陆战队设立步、骑、炮、工兵四个兵种，用十人小队、三十人中队、百人大队、五百为营、四营成团，四兵种按两步兵团配一营骑兵、一营炮兵和工兵两营为一师。

师级临战可视情况，加减所配步骑炮等兵种。骑兵、炮兵设立直属萧震管辖的单列团。

金州的全部兵马，整合为陆战一师、陆战二师、守备师、直属骑兵团、直属炮兵团。

萧震领一师（满编六千），并管辖赵启良的直属骑兵团（两千骑兵）、张宏的直属炮团（火炮门）和小钟的近卫营。

颜思齐领陆战二师（满编六千），马三领四千人组建守备师负责金州防务。

取消原来的家丁制度，各师以营为单位实行轮换制度，团以上主官的保卫任务由近卫营调派。

设参谋处、训练处、后勤处、动员处四个专职单位，萧震领由刘孔昭任副官的参谋处，负责战役战术的参谋和军官的培养；

温特负责训练处，负责后续新兵的训练工作；后勤处由刘良栋负责，管理金州军资的调配协调东番的运输；

动员处由辽东一个不肯降金的老举人李元儒担任，萧震已经写信给徐文宁抽调她的娘子军组建文工团，配合李元儒进行反金宣传和动员工作。

并安排李元儒开始在金州和旅大一带进行素材的收集，特别是突出建奴对辽民迫害的素材，为将来的宣传做准备。

完成整编后立即开始整训练兵，萧震再次开设小课堂，将步骑炮的协同作战和工兵的土工作业在战争中的运用等技战术进行传授，升级跟着自己的这帮主官的军事指挥力。

天启六年正月，建奴突然发兵六万，号称十三万，趁辽东经略高第盲目回撤山海关，出沈阳、渡辽河，进攻宁锦防线。

袁崇焕拒绝撤兵，孤守宁远，兵不满两万。袁崇焕令总兵满桂、参将祖大寿、副将朱梅等坚壁清野，死守宁远。

二十四日建奴攻城，一度城南岌岌可危，袁崇焕亲自搬运土石，堵塞城墙缺口，众军民拼死抵抗，战至深夜，后金久攻不下后收兵。

二十五日，努尔哈赤指挥攻城，袁崇焕则用宁远新装备的十八门新式火炮，在葡萄牙教官指挥下，大量杀伤建奴骑兵。直到二十六日，建奴围成不下，无奈撤军。

撤军的努尔哈赤，在二十六日又趁着寒冬，海面冰封，派武讷格领骑兵突袭觉华岛，屠杀岛上军民一万四千余人，粮草八万石船两千余艘尽数焚毁，大明关外的后勤基地被彻底摧毁。

萧震是在毛文龙派毛有见准备突袭永宁时，才得知的这个消息，急忙点齐独立骑兵团，跟随东江镇一同进攻永宁。

二月，努尔哈赤得知毛文龙偷袭永宁，于是从宁远撤军，毛有见和萧震不敢于建奴主力决战，只得返回各自防区。

袁崇焕打赢了宁远保卫战，明军首次击败建奴，袁崇焕的声望再次响彻辽东和朝堂，觉华岛上的损失则是无人提及，而消息闭塞的萧震和实力不足的毛文龙只配合打了次酱油。

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