要想动员一切人力物力，势必就要打击禁固中国数千年的宗族势力，而宗族势力的幕后又是地主士绅阶层，打击这些人，哪怕出台了种种有利于农民的政策，却得不到农民拥护，这不得不说是周士相的一个极大失误，也是他性格的最大弱点，凡事都操之过急了。
周士相总想在有生之年把事情都办好，结果却是很多时候没有考虑到时代特征和现实。有句话说的好，理论要和实际结合才有效，脱离了实际的理论，构思再好，都是恶政。
农民不识字，识字的又是太平军的天然对立面，在无法以自身培养出的官吏全部取代旧士绅，并且扶植属于太平军的新军功阶层前，引导新占领区百姓成为其中一分子，并且享受好处，成为新的统治阶级前，一昧强制推行相较时代而言很“激进”的政策，必然会引发南橘北枳的后果。
读书人好杀，一个金圣叹看着算不了什么，几个探花榜眼也没什么大不了，一大堆进士、举人老爷的帽子更不被周士相放在眼里，可江南的百姓却看重，却将他们当回事！
百姓不识字，想要改变命运，就拼命供养子弟读书，好让他们成为读书人一员，成为士绅一员，成为家乡宗族力量一员。这，上千年来都是农民改变命运的唯一途径，也是人人羡慕，人人称颂的好事；但，太平军一到，那些人人羡慕，人人敬仰的对象却一个个进了大狱，可以庇护自己的宗族也被摧毁，这显然，让人心乱了。
太平军能够在广东、广西甚至江西等建立有效统治，成功的前提是因为那些省份的人口大量死于战乱和清军屠杀。仅广东一省而言，全省不过百余万人口。这百余万人口又分散在那么多府县，有的一县之地不过几千人。人口少，土地多，太平军本身很多军官和士兵又是广东本省人，士兵家眷也多，将他们安置在各地和当地人结合，自然能够有效的建村设乡，成立基层政权。
江南却不同，人口数百万之众，甚至于有近千万之众，而参加太平军的新兵却不足万人，涉及到的家庭数量只有几千户。显然，这点和太平军搭上关系的家族无法改变根深蒂固的旧势力对地方的影响。那些被当地人视为外人的乡长、村长们也得不百姓拥护，哪怕他们是在为当地人谋利，可在大量读书人对定武朝廷，对周士相和太平军不满的前提下，官府出行的有利于百姓的政策和榜文在读书人的解读下都成了苛政。
不相信“外人”，只相信家乡人，只相信读书人的江南百姓哪怕迫于压力服从了太平军委任的官吏，参加了当地的保安队伍，可真当有事发生时，所有的一切就变得十分脆弱。
松江等地的基层力量在暴民起事面前不堪一击，甚至都没有半点反应，就是这个后果的典型表现。很多村庄，当教民杀过来时，百姓们不是想到团结在乡村长身边反抗，而是一跑了之。一些地方甚至发现了百姓不去寻求官府，也不去寻找当地保安小队，而是去找那些被打击过的士绅和宗族力量，结果这些宗族力量和士绅却带着他们一起造反。
历朝历代，宗族本身就是汉人自保的一个强有力，也十分有效的手段。只要宗族在，汉人可以马上组织起类似团练一般性质的武装力量，或自保，或争天下。历朝历代，以宗族起家的枭雄有很多。可以说，宗族的存在是一把两刃剑，一方面它能给予汉人自保反击的力量，另一方面却牢牢把控了乡村，使得皇权无法下乡，中央朝廷无法动员乡村的人力和物力。
周士相搞建村设乡，自是想动员汉人的所有力量反清，恢复华夏江山。可是他却没考虑到江南的实际情况，这就使得江南各府出现了一个致命的真空，一个不可饶恕的错误。这个错误导致江南之地在这次动乱中人口锐减了十二万。
受灾最严重的就是松江，有四十多处村庄被屠戮一空，男女老少皆被杀害，没有一个活口。可笑的是，当动乱消息传来时，松江知府蒋文唤竟然为了安抚教民，不许下面的一些已经行动起来的乡村保安队联合起来反击，而是要求城外的士绅和教寺代表来官府起誓，发誓不参与造反。可第二天，城外的教寺就动起手来，杀害了官民男妇三千余人。
华亭有个乡，一天上午就被杀了五千多人，紧接着教民进攻县城。城中百姓在官府的组织下进行了顽强抵抗。一个在六房办差的教民在接到教寺杀人传贴后，立即禀报知县，然后回家。他知道教寺不会放过他，于是杀了自己的父母妻儿自尽，事后，华亭县为他上奏朝廷请祠。因为这个教民的及时报讯，华亭知县紧急关城才保住了城中十余万百姓。而下面的九个乡，却有四个乡的汉人被全部杀光。
教民是比汉人有组织，更加团结，初期造成的破坏也大。但真正让江南上空笼罩在大乱阴云下的却是那些对太平军不满的士绅造反。
松江乱了，苏州乱了，常州府也乱了，南都附近也乱了，到处都是杀官造反的士绅。
不过，并不是所有的教民都参与了造反，南都最大的教寺清觉寺的经师们就拒绝接受松江教寺的杀人传贴，他们对教民说，我们也是汉人，不过是信教汉人，世上哪有汉人杀汉人的道理。
江苏巡抚蒋国柱接到奏报时，吓得脸都绿了。而在此之前，他刚刚收到军帅府转来的公文，要他筹备处置教乱一事。
得知江南大乱后，周士相也是怒火丛生，他在浙江一天也呆不住了，快马赶回江南处置。江南各地的驻军也全部出动，开始绞杀暴民。王辅臣作为平乱总指挥，最先赶到松江。从金厦长途拉练的两个镇也被立即投入平暴当中，从海路抵达崇明的苏纳一下船就接到了平暴命令，所部第六镇和水师抽调组建的部队也迅速上岸集结，向着各地扑去。
发出提前起事秘令后，纳兰明珠就从赵祥伟府上秘密前往苏州。只是，在半道的周庄，明珠发现自己被包围了。