战役初始，小泽治三郎以特鲁克岛为诱饵占据了主动，诱使美军舰队向该地发动进攻，随后，他派出前卫舰队，拥有巨无霸战列舰大和号、武藏号的前卫舰队一出现在雅浦岛方向，就给美军第五舰队带来巨大压力，斯普鲁恩斯不得不排出大量战机，应对从侧翼插过来的栗田健男前卫舰队，要是让这两艘战列舰突入美军阵型，那就是灭顶之灾，以此同时，他下令舰队东移，准备迎战日军的主力舰队。

很快，小泽治三郎被发现在马绍尔群岛东，已经处于攻击范围，斯普鲁恩斯只能先迎战，在日军特鲁克岛航空兵和舰队航空兵的持续攻击下，斯普鲁恩斯损失了蒙特利号和兰格雷号轻型航空母舰，两艘轻巡洋舰和四艘驱逐舰沉没，而此时，小泽治三郎只有护卫大和、武藏的矢矧号巡洋舰沉没，金刚号战列舰失去战斗能力。

斯普鲁恩斯承受不住这样的伤亡，打算撤退，但此时，占据上风的小泽治三郎做出了一个错误的决定，他害怕日本海军象征的大和、武藏受创，下令宇垣缠第一战队脱离战区，突然间失去了侧翼压力，斯普鲁恩斯立刻抓住这一难得的机会，全力反击，不管特鲁克方向的攻击，迎战小泽的主力舰队。

铺天盖地的战斗机、轰炸机扑向日军主力舰队，小泽治三郎出动了所有战斗机，护航的战列舰、巡洋舰、驱逐舰也拼命发射着高射炮弹，但这依然无法阻止航母和飞机数量占据绝对上风的美国海军潮水般的进攻。

飞鹰号最先沉没，接着凤翔号、苍龙号甲板燃起大火，飞机无法起飞降落，双方损失迅速被拉进，小泽治三郎无法接受这样的结果，他如赌徒一般，一边下令大和、武藏的第一战队重新加入战区，一边让特鲁克和航母上的轰炸机、鱼雷机起飞，攻击美国航母。

另一头，第五十八特遣舰队总司令马克·米切尔也孤注一掷，派出所有轰炸机、鱼雷机，战斗机在舰队上空警戒，全然不管高速赶来的大和、武藏，他要一举先打垮小泽治三郎的航空母舰群。

没有护航战斗机的美军战机从各个方向发动了进攻，一个小时内，隼鹰号、龙凤号相继沉没，凤翔号、苍龙号又挨了几颗炸弹和鱼雷，完全损毁，至此，小泽治三郎的主力舰队只剩下云鹰号一艘大型航母。

航母大量损失，攻击美军的航空兵只能选择前往特鲁克岛，这直接导致了日军航空兵失去了机动能力。

反观斯普鲁恩斯这边，虽然也损失了邦克山号大型航空母舰，且有多艘受损，但飞行甲板完好，航空兵战斗力犹存。

此时不痛打落水狗，就对不起那些战死的将士了，马克·米切尔命令迎战日军侧翼舰队，为确保大和、武藏的安全，栗田健男不得不下令后撤，美军航空兵一路追打，将千代田号航母和受伤航速极慢的金刚号战列舰、鸟海、摩耶号重巡洋舰送入海底，两个小时后，双方彻底脱离，海战结束。

此一战，日本海军损失了七艘航母，美军三艘，飞机方面一比二，日军损失了三百多架，航母损失，迫使大量舰载机，降落在特鲁克岛。

挟大胜之余威，斯普鲁恩斯命令舰队立刻攻击特鲁克岛，炸毁机场跑道，阻止日军航空兵的反击，轰炸机不顾危险，夜里起飞，扑向克鲁特岛，随着机场跑道被摧毁，斯普鲁恩斯才松了口气，至少这一夜，可以安稳了。

接下来几天，第五舰队继续发动攻击，日军这个永不沉没的航空母舰遭到重创，重要设施被炸毁，内海中沉没了大量的运输舰、补给舰，油轮泄露的油覆盖了整个海湾，日军航空兵损失了几乎全部战机，不过，第五舰队也损失了两百多架战机，也失去了持续攻击的能力，眼见特鲁克岛就差一步拿下，斯普鲁恩斯也只得放弃这一打算，下令撤退，现在，他不用再担心日本的海军了，至于特鲁克，休整后再来就是。

六月的特鲁克海战令美国上下精神大振，让日本人愁云惨布，小泽治三郎成了替死鬼，不得不切腹谢罪，山本五十六遭到严厉斥责，对此，山本无可奈何，美国人强大的实力已经体现，要是不调大凤、飞龙号航母战斗群去渤海湾，并且陆航不抽调太平洋上各地战机，也许特鲁克是另外一种结果，现在说什么都晚了，好在国内清楚认识到，美国人的威胁要比中国人大，再怎么，中国人也无法跨越大洋，向日本本土发动进攻。

一旦特鲁克丢失，美军进逼到马里亚纳群岛，那么，美国的远程轰炸机将能够攻击日本本土，这一防御圈必须守住，山本现在手上有足够的资源，他开始全力防守太平洋一线，这也是满洲再无航空兵团增援的原因，东条和裕仁嘴上不承认，但心底已经放弃了满洲，守住朝鲜就行，当然，他们心底还是抱有一丝希望，希望山本创造奇迹，击败美国太平洋舰队，到时候，就可以回头收拾满洲残局。