鲁王朱以海占据绍兴，还有其他大大小小的宗室占据江南各地。

对于反抗势力，洪承畴也是毫不手软，直接发兵剿灭，金声和黄道周等抗清义士被俘后，都痛斥洪承畴变节，可见洪承畴对抗清事业破坏之大。

最后，顺治十年时，洪承畴又帮着满清平定西南，当时南明最后一个政权永历盘踞在云贵，永历名将李定国在桂林之战打得孔有德**身亡，在衡州之战又斩杀尼堪，让清廷震动，清廷方面一度有“弃湘、粤、桂、赣、川、滇、黔七省，与明议和之议”的想法。

在如此危急的情况洪承畴走马上任，他上任后采取三条主要措施从政治方面瓦解了永历政权内部。

一是广泛宣传，善待归降者。洪承畴在与永历政权的交界处，印发了大量《经略内院招抚明示》，开了很多优厚条件，比如愿意投降归顺清朝的人，可以正常科举当官，可以给田产，并发恒产证明等。

那本就没钱没田的人怎么吸引呢？洪承畴还在告示中说清廷愿借给钱粮牛种，前四年免徭役等优厚条件，吸引了许多永历政权的人前来投降。

洪承畴第二个措施是提高清朝官员招抚积极性，对于招抚有功的官员，给予奖励。顺治十一年，洪承畴上奏朝廷，请求给予周思忠等招抚有功的官员奖赏，这个措施让清朝的汉人官员更积极地去招抚自己在永历政权的亲朋好友了！

最后一招是对永历政权内部武将进行离间。孙可望和李定国原是永历政权的两员干将。洪承畴尝试对他们进行招抚，但是李定国方面坚决拒绝。

于是洪承畴掉头尝试招抚孙可望，他通过礼遇孙可望的亲属，优待其部属来收买感化孙可望。

顺治十四年，孙可望在交水被李定国打败，洪承畴不失时机地向孙可望伸出橄榄枝，招降了他。

孙可望熟悉永历政权的内部情况和军事部署，他的投降，极大动摇了永历政权抗清的斗志。

洪承畴看到时机成熟，于是“上方略，言滇黔可取”。顺治十五年，洪承畴攻陷贵阳，不久后迅速平定贵州全省。

之后清廷派遣一位满清郡王主持军务，洪承畴建议兵分三路入滇，并且选用孙可望部下熟悉地形者十九人，分拨到各路作为向导。

清军攻陷昆明，云南被平定后。洪承畴出于稳定局势的考虑，又向朝廷建议留吴三桂驻守云南，并且发内帑救济灾民，同时暂缓入缅甸追杀永历帝。

洪承畴的这些建议都得到落实，云南的社会秩序很快恢复稳定，百姓安居乐业。

功成身退后，洪承畴因为体弱多病请求致仕，得到朝廷批准。

只是对于洪承畴的世职，尽管朝廷承认他劳苦功高但是最后只给他区区三等轻车都尉！

洪承畴病逝后，清廷虽然给他谥号“文襄”，但乾隆上台后，将洪承畴列入贰臣传，成为反面教材。可见，没有气节的臣子，就算获得再大的功劳，也会被人鄙视。