后世历史爱好者在研究大齐帝国官制时，经常容易犯下的错误是，认为大齐制度为齐承明制，和前明基本无异。
从表面上看，两者颇为类似，但是仔细比较还是有一定差别。
齐国在中央，以首相替代内阁，六部（礼户吏刑工兵）直接对皇帝负责。
首相授大学士衔（华盖殿大学士、建极殿大学士、文渊阁大学士等），正二品。
设内廷大总管，东方祝为首任总管，大总管位列十二监、二十四衙门之首，与首相一起，有批红之权。
武定皇帝对外戚勋贵势力颇为重视，另设成国公头衔，由外戚勋贵担任，与首相、大总管一样，亦享有奏章批红权。
如此以来，大齐顶层便形成了相权、宦权（大总管）、皇权、外戚勋贵四权分立的局面。
首相负责对全国事务进行票拟（提出处理意见），大总管与勋贵负责对票拟批红（批准意见，代行皇权），最终诏令下达前，须呈皇帝御览。
大总管下设掌印太监一人，秉笔太监若干，掌印太监统管司礼监，首席秉笔太监掌东厂、镇抚司（蓑衣卫）。
齐中枢设六部（行宫、王宫各一套班子，一实一虚），六部下各设清吏司，其中户部、刑部各十三清吏司。
令设检察院、友爱寺。都察院由前明的都察院发展而来，主掌监察、弹劾及建议。友爱寺掌刑狱案件审理，由前明大理寺发展而来。友爱寺、检察院、刑部因同掌司法，合称中央三司。
此外，大齐废除前明官制六科给事中（即言官），废除掌侍从，原先的谏诤、补阙、拾遗、审核、封驳诏旨等职责，由训导官负责，御史亦被废除。
在地方，大齐延续从元代便开始施行的行省制，仍旧为盛府、县三级，省府县三级主官由皇帝直接任免，县以下为乡、村，乡村皆为农会、商会选出代表直接管理。
大齐行政机构，远期规划为三京八十一省（包含安南、朝鲜、日本行省），三京为中京（天心城）、东京（平壤）、南京（雅加达）。
八十一省除关内三十六省外、还有辽东四盛蒙古五省，朝鲜三盛倭国十盛安南国六盛真腊国(今柬埔寨)三盛暹罗国(今泰国)六盛占城国(今越南南部)三盛苏门答剌(今苏门答腊岛八昔)两盛爪洼国(今爪哇岛)三盛湓亨国(今马来半岛)两盛三弗齐国(今苏门答腊岛巨港)三盛渤泥国(今文莱)两胜···
其中，均州（顺天府）一带的直隶府合称直隶。
各省最高行政长官为巡抚，下有承宣布政使司、提刑按察使司和行都指挥使司（合称地方三司）
大齐与前明在军事方面的差别，后文会详细介绍，这里暂时不表。
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太初三年三月，武定皇帝颁布诏令，委任原吏部侍郎葛业文为河南巡抚，南明降官路振飞为湖北巡抚，两人在洛阳谢恩后，立即分赴开封、襄阳，走马上任。
为加强对新占领区的统治，避免大军东征朝鲜期间后院起火，各府州县的官员都换成开原系老人，一大批从学堂毕业的训导官、商会学徒进入府州县衙门任职。
在大清洗运动中成长起来的农会，凭借着武力支持，架势牢固掌握县以下权力，代替了原先依靠宗法、族长统治乡野的“乡贤”治理体制。
在农会强大攻势下，农村旧制度彻底碾碎。
太初三年春天，武定皇帝在中原、荆襄划了几个圈，一座座崭新的屯堡学校拔地而起。
荆襄流民陆续迁出大山，进入屯堡耕地；各府州县孩童，纷纷入学学习。
按照大齐教育法令，帝国幼童，无论汉苗蒙古女真，无论男女，六岁以上，十二岁以下者，都必须进入学堂学习识字，学习自然科学、军事、地理、等学科知识，当然，也少不了对大齐皇帝、大齐军队的感恩学习。
从儿歌“谢谢你因为有你温暖了四季”到，武定皇帝三岁能骑马，五岁能杀敌，十岁已经指挥大军作战····
在战兵代表、商会代表，训导官、各科老师敦敦教导下，诸如此类的“真理”，被牢牢镶刻在所有学生脑海深处。
训导官森悌得意洋洋道：“他们（学生）或许会忘记自己姓甚名谁，但绝不会忘了是谁将他们从饿殍中拯救出来，给了他们新生1
刘招孙对这种狂热的造·神行动，既不反对，也不支持。
一切顺其自然。
孩童所需学费，由翰林院全部承担。
这样做可以将诠释知识的权力，从占人口不到百分之二的儒生士子手中夺回。
谁能掌握识字的百姓，谁就能掌握舆论，谁就能掌握历史。
孩童学成之后，可选择进入工坊当学徒，去军队到辅兵，去探险队探索远方。
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四月，武定皇帝返回辽东，临行之际，派成国公金大久率官员工匠，前往均州支援新都建造。
在营建都城期间，发生了两件灵异事情。
当时，营造新京的木料，大都是在四川砍伐的，先在长江上放木排顺流而下，到了汉口木排被截住，然后再顺着汉江运到均州。
有一根木材它很奇怪，到了汉口它不是像别的木头横着浮在水面上，而是直直的站在水面上。
金大久派官员司马平到水下察看，发现木材下面还有几尺高，没落到底，觉得很奇怪，众人认定是天神把这个木料留下来，用于天心城的宫殿建筑。
均州军民用绳索把神木拴着，拖到工地，作为皇极殿正梁。
在后来的《京城瑞应图》里面，有很多船拉着木料从黄鹤楼经过的画面，说的就是这个神迹。
第二件祥瑞是这样的，当时工匠从各地到均州，走的多半是水路。
由于齐国开出的工钱很高，人们不惧南明三令五申不准与齐国交接，源源不断赶往均州做工。